Grupa Robocza WFD ds. wdrażania Ramowej Dyrektywy Wodnej zabezpiecza koordynację i wzajemne informowanie o realizacji zadań podejmowanych w celu realizacji Ramowej Dyrektywy Wodnej UE na wspólnych zlewniach polsko-czeskich wód granicznych. Do zadań Grupy WFD należą:

• wyznaczanie transgranicznych części wód powierzchniowych i podziemnych, a także sztucznych i silnie zmienionych części wód
• określanie części wód zagrożonych ryzykiem nie osiągnięcia celów środowiskowych
• monitoring stanu wód powierzchniowych i podziemnych, a także obszarów chronionych
• ustalanie warunków referencyjnych oraz typologii wód powierzchniowych
• plany gospodarowania wodami we wspólnych zlewniach
• opracowywanie programów działań niezbędnych do osiągnięcia celów środowiskowych
• analiza wpływów i oddziaływań działalności człowieka na stan wód powierzchniowych i podziemnych
• ekonomiczna analiza propozycji działań prowadzących do poprawy stanu wód.

Grupa Robocza R ds. regulacji granicznych cieków wodnych, zaopatrzenia w wodę i melioracji terenów przygranicznych realizuje następujące zadania:

• ocena prac wykonywanych na wodach granicznych
• kolaudacja i rozliczanie prac prowadzonych na koszt wspólny
• uzgadnianie opracowań studialnych i projektowych dla melioracji terenów przyległych do polsko-czeskiej granicy państwowej
• ocena wykonanych konserwacji urządzeń melioracyjnych
• współpraca w zakresie administracji granicy państwowej na wodach granicznych.

• pomiary i obserwacje  wód powierzchniowych, podziemnych i źródeł
• wymiana danych hydrologiczno-meteorologicznych
• kontrola codziennego przekazywania informacji
• realizacja prac hydrogeologicznych w obszarach przygranicznych RP i Republiki Czeskiej
• zajmowanie się problematyką ujednolicania podstawowych charakterystyk hydrologicznych na wodach granicznych
• ocena współpracy w zakresie wykorzystania informacji radarowych, detekcji burz i zdjęć satelitarnych w osłonie przeciwpowodziowej
• problematyka transgranicznych części wód podziemnych.

Grupa Robocza OPZ ds. ochrony wód granicznych przed zanieczyszczeniem realizuje następujące zadania:

• prowadzenie wspólnych pomiarów jakości wód w przekrojach granicznych i ujednolicanie wyników badań
• ujednolicanie wyników badań i opracowywanie rocznego sprawozdania o stanie jakości wód granicznych
• weryfikacja systemu monitoringu wód granicznych
• bilansowanie informacji o inwestycjach i przedsięwzięciach, które mają korzystny wpływ na jakość wód granicznych.

Grupa Robocza P ds. przygotowań zadań i koncepcji inwestycyjnych na wodach granicznych.

Grupa ta opiniuje opracowania i koncepcje dotyczące nowych prac w zakresie ochrony przeciwpowodziowej i budowy połączeń żeglugowych na wodach granicznych.