Grupa Robocza W2 ds. ochrony wód granicznych zajmuje się m.in. badaniem jakości wód Nysy Łużyckiej, Odry i Odry Zachodniej, wymianą wyników analiz i opracowaniem sprawozdań o jakości wód granicznych. Pełny zakres zadań GR W2 przedstawia Mandat GR W2.

Grupa Robocza W4 ds. utrzymania wód granicznych zajmuje się przede wszystkim prawidłowym utrzymaniem obiektów i urządzeń hydrotechnicznych na wodach granicznych. Do zadań tej Grupy należy również ochrona przed wodami powodziowymi i zagrożeniami przy pochodzie lodów. Pełny zakres zadań GR W4 przedstawia Mandat GR W4.

Grupa Robocza W5 ds. planowania wód granicznych zajmuje się bilansem wodno-gospodarczym (ilościowo-jakościowym) Odry i Nysy Łużyckiej, kwestiami poboru wód, określaniem źródeł powstawania zasobów dyspozycyjnych i ich rozdziału przestrzennego. Pełny zakres zadań GR W5 przedstawia Mandat GR W5.